Trường ĐH Hồng Đức được thành lập theo Quyết định số 797/TTg ngày 24/9/1997 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở 3 trường: CĐ Kinh tế-Kỹ thuật, CĐ Sư phạm và CĐ Y tế Thanh Hoá. Ngày 17/1/1998 Chủ tịch UBND tỉnh ra Quyết định số 138 QĐ/TC-UB về bộ máy trường ĐH Hồng Đức hệ thống tổ chức gồm: 10 khoa, 7 phòng, 2 ban, 3 trung tâm và 3 bộ môn; Phòng Đào tạo được thành lập cùng với sự ra đời Trường Đại học Hồng Đức, đến năm 2015 đổi tên là Phòng Quản lý đào tạo (ngày 14/5/2015 thành lập phòng Quản lý đào tạo Sau đại học từ bộ phận Quản lý đào tạo sau đại học thuộc phòng Đào tạo).